Der Verein wurde am 17. Juli 1843 unter dem Namen „Verein für Altertumskunde im Fürstentum Birkenfeld“ von dem damaligen Leiseler (Staats-)Bürgermeister Peter Wohlstadt, dem Birkenfelder Landesarzt Dr. Christoph Friedrich Upmann sowie den Rechtsanwälten Ludwig Franz Jacob Görlitz und Laurenz Wilhelm Fischer in Schwollen gegründet. Der Verein zählt zu den ältesten Geschichtsvereinen Deutschlands.
In den ersten 50 Jahren seines Bestehens widmete er sich vornehmlich der Ausgrabung vor – und frühgeschichtlicher Grabfelder und Siedlungen an der oberen Nahe.
Ab 1891 begann er mit einer mehr oder weniger systematischen Publikationstätigkeit, die ab 1927 durch die Herausgabe einer eigenen Zeitschrift (Mitteilungen des Vereins für Heimatkunde) und ab 1958 durch die Herausgabe von Sonderbänden zu diesen Mitteilungen intensiviert wurde.
Zur Aufbewahrung und Präsentation der durch die regen Ausgrabungstätigkeiten umfangreichen vor- und frühgeschichtlichen Sammlung erbaute der Verein in Birkenfeld im Stil eines römischen Landhauses das Museum, das am 17. Oktober 1910 in Anwesenheit von Großherzog Friedrich August von Oldenburg eingeweiht wurde.
An- und Erweiterungsbauten erfolgten in den Jahren 1954/55 und 1966/67. 2005 bis 2007 wurde eine Renovierung des gesamten Museums vorgenommen und eine Erweiterung durch den Neubau des Verbindungstraktes mit Foyer durchgeführt. 2007 erfolgte eine umfassende Neukonzeption der Ausstellungen. Die gesamte Anlage (die zeitweise die Bezeichnung Landes- bzw. Kreismuseum trug) führt der Verein noch heute in eigener Regie, ohne öffentliche Gelder.